遇到这种事，心里肯定不好受，先抱抱你。关于你妹妹的情况，在大多数地区，符合计划生育政策的自然流产医疗费用是可以纳入生育保险报销范围的，但具体执行标准因城市而异，部分地区可能要求提供计生证明或对流产类型有特定限制。
咱们水滴保经常接到这类咨询，其实流程没那么复杂。只要是在定点医院发生的医疗费用，拿着相关的医疗证明和就医卡，就能按当地政策去结算。不过要注意，这种情形通常只报销手术和医疗相关费用，像什么围产期保健补助、营养补贴这些，一般是享受不到的。
大家更关心的可能是钱怎么发、发多少。这得分两块看：一块是医疗费，直接由社保基金跟医院结算或者事后报销；另一块是休假期间的“工资”，也就是生育津贴。
根据国家规定，女职工流产也是享有产假的。如果怀孕不满4个月（有的地方规定是3个月）流产，一般能享受15天到1个月的产假津贴；如果满4个月但不满7个月，津贴天数会更多一些，通常在42天左右。具体能领几个月，得看当地社保局的具体细则，毕竟每个城市的执行标准不太一样。
至于你问的单位发工资还是等津贴到账再补，这里有个常见的误区。法律规定，在女职工休流产假期间，用人单位应当视同其提供正常劳动并支付工资。如果单位已经交了生育保险，那么这笔钱通常是由社保基金以“生育津贴”的形式发给单位，单位再转交给员工。如果津贴低于员工原本工资，单位还得补足差额；如果没交社保，那这笔钱就得单位自己掏腰包全额发了。
所以，不是你妹妹先去报销再拿钱，而是单位应该照常给她发工资，然后单位再去向社保中心申领这笔津贴来冲抵成本。如果单位扣着工资不发，非要等钱到账，那其实是不太合规的。
建议让你妹妹保留好所有的病历、诊断证明和缴费单据，让单位的人事同事去当地社保中心问问具体的申领材料。每个地方的办事流程可能有点小区别，提前问清楚能少跑几趟腿。如果想了解更多社保相关的细节，也可以看看水滴保保险攻略里的一些基础科普，虽然不能代替官方答复，但能帮你理清大概的思路。